法人住民税の均等割と休眠会社の免除手続きと注意点

法人住民税の均等割と休眠会社の免除・手続き・注意点

休眠届を出さなければ、売上ゼロでも年7万円以上の均等割を自動的に払わされ続けます。

法人住民税の均等割とは？休眠会社でも課税される理由

法人住民税は大きく「法人税割」と「均等割」の2つに分かれています。法人税割は会社の利益（所得）に応じて課税されるため、赤字であれば原則ゼロになります。一方で均等割は、会社が「その地域に存在しているという事実だけ」で課税される税金です。赤字でも、売上がゼロでも、関係ありません。

均等割の金額は資本金等の額と従業員数によって決まります。たとえば、資本金1,000万円以下で従業員50人以下の法人の場合、都道府県分が約2万円、市区町村分が約5万円、合計で年間7万円が最低ラインです。規模が大きくなるほどこの金額は跳ね上がり、最大で数百万円規模になることもあります。

休眠会社であっても、何もしなければ自動的に均等割が課税され続けます。これが原則です。

資本金等の額	従業員数	均等割（年額目安）
1,000万円以下	50人以下	約7万円（都道府県＋市区町村）
1,000万円以下	50人超	約14万円
1,000万円超〜1億円以下	50人以下	約18〜20万円
1,000万円超〜1億円以下	50人超	約20万円以上

つまり「売上ゼロだから税金もゼロ」という考え方は間違いです。この認識のまま放置すると、何年にもわたって不要な税金を払い続けることになります。痛いですね。

均等割が課税される根拠は「道府県内または市町村内に事務所または事業所を有する法人」という地方税法の規定にあります。ここでいう事務所・事業所とは「継続して事業が行われる場所」を意味します。完全に活動を停止した休眠会社は、この「継続して事業が行われる場所」という要件を満たさないため、適切に届け出ることで均等割の課税根拠そのものがなくなるという解釈が成り立ちます。

参考情報として、東京都主税局の税率表は以下で確認できます。

東京都主税局｜都民税均等割の税率表（PDF）

休眠会社が均等割の免除を受けるための具体的な届出手続き

均等割の免除を受けるためには、自動的に手続きが進むわけではありません。自分から動く必要があります。届出が必要な機関は主に3カ所です。

まず税務署への届出から始めます。提出する書類は「異動届出書」と「給与支払事務所等の廃止届出書」の2つです。異動届出書には「異動事項等」の欄に「休業（休眠）」と記載し、「異動年月日」には休業を開始した日付を書きます。給与支払事務所等の廃止届出書は「廃止」にチェックを入れ、参考事項欄に「〇年〇月〇日より休眠」と記入します。

次に都道府県税事務所への届出です。これが均等割の免除に直結する最重要手続きです。同様の「異動届出書」に休業する旨を記載して提出します。届出の際、窓口や電話で「均等割の課税は無くなるという理解でよいか」と一言確認しておくと安心です。

最後に市区町村役場への届出です。法人住民税は都道府県と市区町村それぞれから課税されるため、両方への手続きが必要です。こちらでも「異動届出書」を提出します。

届出の書式や名称は自治体によって異なる場合があります。大阪府・大阪市の場合は、通常の異動届に休眠の旨を記載して提出するだけで完了します。一方で、自治体によっては後日実地調査が入り、本当に事業を停止しているかどうかを確認されるケースもあります。

「多くの自治体で免除できる」が基本です。

重要なのは届出のタイミングです。休眠した事業年度の途中から届け出た場合、均等割は月割り計算で停止されるケースが一般的ですが、遡及適用の扱いは自治体によって異なります。手続きは早めに行うほど節税効果が大きくなります。

坂本会計事務所｜「休眠会社」に住民税「均等割」は、かかりません（届出と均等割の考え方を詳しく解説）

法人住民税の均等割と休眠会社の青色申告・申告義務の関係

均等割の免除手続きが完了しても、油断は禁物です。法人税の確定申告義務は消えません。これが多くの休眠会社の経営者が見落とすポイントです。

売上がゼロであっても、毎年「所得ゼロ」の確定申告書を期限内に税務署へ提出することが法律上の原則です。もし申告を怠ったまま2事業年度連続で無申告になると、青色申告の承認が取り消されます。

青色申告が取り消されると何が困るのでしょうか？最大のデメリットは「繰越欠損金の控除が使えなくなること」です。繰越欠損金とは、過去の赤字を最大10年間繰り越して将来の利益と相殺できる制度で、青色申告法人だけが利用できる強力な節税手段です。

たとえば、休眠前に500万円の赤字を抱えていた法人が、5年後に事業を再開して黒字になったとします。青色申告を維持していれば、この500万円の欠損金を将来の利益から差し引けるため、法人税の負担を大幅に減らせます。しかし申告を怠って青色申告が取り消されていると、この節税メリットをまるごと失うことになります。

申告書の作成が条件です。

一方、消費税や都道府県・市区町村への申告書は、事業活動がなく課税取引がない場合は提出不要になります。法人税の申告だけは継続が必須であることを覚えておきましょう。申告内容は「売上ゼロ、経費ゼロ、所得ゼロ」の申告書を1枚出すだけで、税理士に依頼しても費用はかなり安価に抑えられます。自力での作成も十分可能な難易度です。

国税庁｜No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除（繰越欠損金の仕組みを公式解説）

休眠会社が陥りがちな「みなし解散」と役員変更登記のリスク

均等割や申告の話だけに気を取られていると、もっと大きな落とし穴に気づかないことがあります。それが「みなし解散」と「役員変更登記の懈怠」です。

みなし解散とは、株式会社が最後の登記から12年以上にわたって一度も登記を行わない場合に、法務局が職権で「解散したものとみなす」手続きのことです。毎年10月ごろに法務大臣から官報公告が行われ、2カ月以内に存続の届出をしないと、12月に解散登記が打たれてしまいます。

なぜ12年かというと、株式会社の取締役の任期が最長10年と定められているため、10年ごとに少なくとも役員変更登記が必要となります。12年以上登記がないということは「役員の改選すら行っていない」ということになるため、事実上活動していない会社と判断されるわけです。

みなし解散になると自動的に会社がなくなるわけではありません。解散後3年以内であれば株主総会の決議によって会社を継続させることは可能です。しかし、会社を復活させるには追加の費用と手続きが必要になります。それ以上に問題なのが、役員変更の登記を怠っていた事実は消えないため、裁判所から最大100万円の過料が科される可能性があるという点です。

役員変更登記は必須です。

役員変更登記を維持するためには、任期満了のたびに同一人物が再選する「重任登記」であっても登記が必要です。登記費用は1万円程度（登録免許税）ですが、怠ることで生じるリスクと比べると、定期的に対応しておくほうが圧倒的に安上がりです。

なお、有限会社は役員任期の定めがないためみなし解散の対象にはなりませんが、実態として事業活動がない場合の均等割への対応は株式会社と同様の考え方が基本となります。

法務省｜令和7年度の休眠会社等の整理作業（みなし解散）について（官報公告の時期・手続きの流れを公式解説）

休眠会社の均等割対策を独自視点で考える：廃業との費用比較と再開コスト

「均等割が免除されるなら、廃業せず休眠のままにしておけばいい」という判断は、状況によっては非常に合理的です。ただし、休眠を選ぶ前に廃業との費用比較をしっかりしておくことが重要です。

まず廃業（解散・清算）には、解散登記費用として登録免許税3万円、清算結了登記費用として2,000円、そして司法書士や税理士への報酬が最低でも20〜30万円程度かかるのが一般的です。合計すると最低でも25万円前後の費用が発生します。

一方、休眠の費用は基本的に無料です。届出書の用紙代と郵送代程度で手続きを完了できます。

この比較から見ると、事業再開の可能性がゼロに近い会社であっても、廃業費用の元を取るまでの期間は「均等割ゼロ状態での休眠」のほうがコスト効率が良いケースが十分にあります。たとえば廃業費用が25万円なら、均等割が年7万円としても約3.5年分に相当します。再開の可能性が少しでもあるなら、休眠を選ぶほうが合理的です。

これは使えそうです。

逆に休眠から事業を再開する場合のコストも把握しておきましょう。税務署・都道府県税事務所・市区町村への「再開の異動届出書」の提出と、青色申告の承認申請書の提出（青色申告を継続していた場合は不要）が主な手続きです。登記費用は不要で、書類を整えて届け出るだけですみます。

ただし、休眠中に銀行口座が休眠状態になっている場合や、許認可の有効期限が切れてしまっている業種（飲食業の食品衛生責任者の資格はそのまま維持できますが、営業許可の更新が必要な場合があります）では、再開時に追加の対応が必要です。休眠前に許認可の有効期限を確認しておくと、再開時の手間を大幅に減らせます。

また、休眠中の均等割に関して「届出をせずに何年も払い続けていた」というケースが実際に存在します。こちらから主張しない限り課税し続ける自治体も一部あるのが現状です。もし現在その状態にあるなら、今からでも所轄の都道府県税事務所・市区町村役場に確認の上、異動届を提出する価値があります。免除の開始時期については自治体によって遡及対応が異なりますが、今後の負担をゼロに近づけることは十分可能です。

owner-exit.com｜廃業せずに「休眠」させる選択肢｜均等割をゼロにして法人格を維持するコスト比較